伊奈忠次は、天正十八年、家康関東入国の際、多年の功労により、三河国小島から武州足立郡の内一万石（あるいは一万三千石）の地を賜わり、関東郡代に補せられ、陣屋を小室（埼玉県北足立郡小室村の中）に設けて、本拠とした。伊奈氏は世襲して、八州の貢税をつかさどっていた。累代の関東郡代の任官の次第を表示すると次のとおりである。
（各代官ごとに「伊奈家々譜」により、その閲歴を付した。）
一、天正十八年任 初代熊蔵 伊奈備前守忠次
○天正十八年庚寅関東御退治之節、三州小島の旧領を武州足立郡の内壱万三千石、関東郡代掌八州貢税、市川、松戸、房川関の吏
二、慶長十五年任 二代熊蔵 伊奈備前守忠政（後筑後守実は伊奈備前守忠次二男）
○慶長十五年庚戌月日不レ知、跡目関東郡代
三、元和四年三月十日任 伊奈半十郎忠治
○権現様御代年月不レ知、被二召出一御代官相勤、兄筑後守忠政元和四戊午年三月十日死去、以後関東郡代、関八州及駿、遠、参の貢税を掌、武州赤山領七千石賜
四、承応二年十二月二十日任 伊奈半十郎忠克
○承応二癸巳六月二十七日、父忠治跡目、同十二月二十日関東郡代
五、寛文五年十二月十一日任 伊奈半十郎忠常
○寛文五乙巳十二月十一日、父忠克之跡目、同日関東郡代
六、延宝八年九月七日任伊奈半十郎忠篤
○延宝八庚申月日不レ知跡目、同日関東郡代
七、元禄十年十二月十日任 稲葉彦三郎ノ養子ニ成、実ハ忠常二男、初忠高
伊奈半左衛門忠順
○初部屋住より御書院へ御番入、夫より桐之間御番より御小納戸、実兄半十郎忠篤病死、無レ嗣、忠篤の養子に願上候、元禄十年十二月十日家督、同日関東郡代
八、正徳二年五月二十二日任 実ハ伊奈定永二男 伊奈半左衛門忠達
○正徳二壬辰五月二十二日、養父忠順願通跡式、同日関東御郡代、享保十八癸丑十二月二十八日、勘定吟味役上座、中の間席
九、寛延三年七月晦日任 実ハ忠順男 伊奈半十郎忠辰
○寛延三庚午晦日、養父忠達願家督、同日関東御郡代、布衣
十、宝暦四年九月五日任 実ハ忠達ノ男初半蔵半左衛門 伊奈備前守忠宥
○宝暦四甲戌九月五日、養父忠辰願跡目、同日関東御郡代、後御勘定吟味役上座、又御勘定吟味役兼、明和二乙酉二月十五日御勘定奉行へ
十一、明和六年十二月七日任 実ハ松平甲斐守吉里三男 伊奈半左衛門忠敬
初名柳沢弹正
○明和六己丑十一月五日、養父忠宥願聟養子、同十二月七日家督、同日関東御郡代、安永四乙未十二月十二日御勘定吟味役上座
十二、安永七年六月六日任 実ハ板倉周防守勝澄七男又摂津守 伊奈右近将監忠尊
○安永六丁酉九月二十七日、養父忠敬願聟養子、同七戊戌六月六日跡目、同日関東御郡代、天明四甲辰四月二十九日御勘定吟味役上席、同七丁未六月八日御小姓組番頭格、奥詰奥向御用兼、又御留守、寛政四壬子三月九日重々不行届之次第、知行不レ残被二召上一、実家板倉周防方に而蟄居
上述のように、伊奈氏は累代郡代を勤めてきたが、忠尊勤役中「不埓且家事不取締」という咎(とが)により、右近将監忠尊は免職となり、所領三千五百六十六石余は没収された。事の次第は、その養子半左衛門（忠善）が、検見の出張先から家来とともに比叡山に逃げたことにはじまる。そこで「家事不取締」のかどで、忠尊は、実家板倉周防守方に蟄居、不始末の養子半左衛門は松平甲斐守へお預け、伊奈家は断絶するところを、名誉ある家のことでもあり、分家の伊奈半三郎に相続させることになって落着した。
寛政四年四月設置の支配代官五人は、大貫次右衛門、菅沼安十郎、三河四太忠、篠山十兵衛、伊奈友之助で、当地方の支配は大貫次右衛門、伊奈友之助などであり、それから慶応三年九月まで更迭任官された。
これらの代官が交代のときは、前の代官から、支配村村役人に郷村引渡しの触れを出した。