この時期、千住宿はもう一つの役割を担っていた。三月一三日夜から四月一日まで五兵衛新田（現綾瀬四丁目および周辺）に新選組の屯所が設けられていたが、この屯所の設営、物資供給の基地となったのである。近藤勇率いる新選組は、五兵衛新田屯所に到着してから歩兵を集め、部隊を再編成していた。屯所設営当初は、五〇名にも満たなかった部隊は、四月一日には二二七名まで拡大した。このため屯所の設営部材や、食糧供給がはかられ、千住宿の商店から多くの物資が購入され、供給されていった（鳥屋部孝・恭子氏蔵、綾瀬・金子家文書）。