日ノ出町は荒川南岸に位置し、千住五丁目・千住旭町・柳原一丁目に接している。
現在の町区域は、江戸時代に開発された弥五郎新田の南部にあたり、一八八九(明治二二)年に町村制が施行されると旧綾瀬村大字弥五郎新田となった。一九三〇(昭和五)年に荒川放水路が完成すると、旧綾瀬村の一部でありながら、その南側に取り残される形となった。三二(昭和七)年一〇月の足立区成立により、旧綾瀬村大字弥五郎新田大原耕地及び糀野耕地の一部をもって日ノ出町一丁目、同字嚢(ふくろ)耕地を同二丁目、糀野耕地の一部を同三丁目とした。三四(昭和九)年に行われた足立区と葛飾区との境界変更に際し、日ノ出町一・二丁目の一部が葛飾区小菅町へ編入された。六〇(昭和三五)年町名地番整理により、旧日ノ出町一丁目、同二丁目および千住旭町の一部で日ノ出町が誕生した。大部分が荒川河川敷であった堤北の日ノ出町三丁目は、河川敷を除く部分と五反野南町の一部区域で日吉町となった。そして、六八(昭和四三)年三月三一日に現行の住居表示が実施された。