「ぼたん寺」で有名な薬師院は、天平(てんぴょう)2年（730）に行基により建立された清冷山閼伽寺(あかでら)が起源となっています。仁和(にんな)年間（885〜889）には七堂伽藍を有し、20を超える塔頭(たっちゅう)が立ち並ぶ大寺院でしたが、南北朝時代の戦乱で荒廃(こうはい)しました。
現在の本堂は明暦(めいれき)3年（1657）に建立され、平成2年（1990）秋に修復されました。境内に入る石橋には「元禄八年」（1695）の銘があります。また、境内には「閼伽井(あかい)」と呼ばれる井戸もあります。閼伽は梵語で水のことです。【マップ西16】
