船を操縦する操舵室の後ろには、船長の寝室がある(第1図)。操舵室と寝室を合わせると、約360cm×約256cmのサイズとなっている。寝室は船員の寝室と同じように黄色いマットが敷いてある。船員の寝室と異なり、無線やモニターなど多様なものが置いてあり、また四方に窓があるためとても明るく感じる（写真9）。

　右舷側に2段の寝台があり、上部を戸髙氏が使用している（写真10）。約186cm×約93cmと、船員の寝台と比べると少し横に余裕があるが、やはりシングルサイズの敷布団よりは狭い。枕は船首側にあり、船員の寝台と同様、頭上にライトが付いている。足もと船尾側には引違戸の棚がある。下段の棚には毛布が入っていた。

　上段と下段の間には引出しがついており、大きく高さのないものを収納できるようになっていた。また、船員の寝台と違い、上下それぞれにカーテンがあり、カーテンの横には歯ブラシや鉛筆、コンパスを入れるケースが取り付けられている（写真11）。寝台の上部には船員の寝室と同様欄間があり、模様が彫られている（写真12）。寝台と反対の左舷側の棚には蚊取り線香や暖房具などがあり、一年中過ごすために必要な生活道具が置かれていた。