延暦(えんりゃく)13年(794)に京都の平安京に都が移され、10世紀に入るころには、朝廷が国ごとの税の徴収や土地の管理などを国司の裁量に委ねるようになり、任国を私物化する国司が現れました。そのなかで、国司の職は利権化し、朝廷や有力貴族に「志」(賄賂)を届けたり、寄付したりして国司に任命(成功(じょうごう))される下級貴族が出てきました。任地で実務をとる国司は「受領(ずりょう)」とも呼ばれましたが、任命されても任地に赴かず「目代(もくだい)」を派遣する「遙任(ようにん)」国司も現れ、地方制度は形骸化していきました。国によっては、国司が暴政により郡司や住民に訴えられることもありました。
その後、国衙領(こくがりょう)(荘園以外の土地)からの税などを特定の寺社や個人(後に世襲化)に与える「知行国(ちぎょうこく)」の制度もおこり、土地の私有化が進みました。各地の国府調査例から、この頃の政庁は施設が簡略化してことがわかります。政庁に代わって、国司や目代の居館が政治の中心になったためと思われます。鎌倉時代になっても朝廷は国司を任命しましたが、武家政権(幕府)の影響力が大きくなるにつれて、次第に名ばかりのものになっていきました。