臨済宗は、室町幕府に庇護された五山（ござん）系と、それを潔しとしない林下（りんか）系に大別されます。幕府は中国の制度にならい、天龍寺（てんりゅうじ）以下の京都五山、建長寺（けんちょうじ）以下の鎌倉五山、それらの上に南禅寺（なんぜんじ）の計11か寺を「五山」としました。五山の下に「十刹（じっせつ）」、さらに「諸山（しょざん）」という寺格を設定し、幕府がこれらの寺を管理・保護しました。
備後では十刹に尾道の天寧寺（てんねいじ）、諸山に善祥寺など5か寺がありました。この善祥寺は上下町上下の善昌寺（ぜんしょうじ）を指していると考えられます。同寺は正中（しょうちゅう）2年（1325）、当地の豪族斎藤美作守景宗（みまさかのかみかげむね）という人が弁翁（べんおう）という僧を迎え開かれたという伝承を持っています。弁翁智訥（べんおうちとつ）は当時の臨済宗の中で一派をなした紀伊（きい）の興国寺（こうこくじ）を本拠とする法燈派（ほうとうは）の著名な僧です。
諸山格を得るということは、その寺の大檀那（だんな）である豪族にとって、将軍・幕府に接近できるという機会でもありました。史料に寛正（かんしょう）元年（1460）に善祥寺住持（じゅうじ）任命のことが見られるので、その頃までには諸山の寺格を得ていたようです。その背後で、斎藤氏あるいは長氏が大檀那として奔走したかも知れません。
弁翁智訥禅師木像
（座禅堂内）
五山系の寺は室町幕府の弱体化とともに衰亡し、宗旨替えをして存続した寺も多く、善昌寺も曹洞宗(そうとうしゅう)で中興されました。
上下町有福の保泉寺（ほうぜんじ）、小堀の善応寺（ぜんおうじ）、階見の養源寺（ようげんじ）などは臨済宗永源寺（えいげんじ）派に属しています。永源寺は現在の臨済宗15本山の1つで、滋賀県の山間にある寺です。そういう立地を見ても、宗祖寂室元光（じゃくしつげんこう）が都の権力に接近することを嫌った態度が分かります。この派は林下の禅の代表的な一派です。
寂室和尚は備後とも関わりが深い人で、中国から帰途の建武（けんむ）元年（1334）、深津郡吉津（よしづ）（福山市）に立ち寄り、都に戻らず長年備後から備中（びっちゅう）・美作（みまさか）地方を説いて回りました。現在でも備後では、世羅郡・甲奴郡から神石郡にかけて永源寺派の寺があります。
上下町の永源寺派寺院はいずれも寂室和尚の弟子知庵元周（ちあんげんしゅう）が関わったという寺伝を持っています。この人は神石郡の永聖寺（えいしょうじ）を拠点にしたといい、師の寂室和尚が中国で学んで来た教えを、早速備後の高原地域で説いて歩いたのでした。
臨済宗は、坐禅（ざぜん）により自己の内にある仏性（ぶっしょう）を見つめようとするいわゆる禅宗（ぜんしゅう）の一派です。当時の武士たちの多くが禅宗に魅力を感じていました。戦いという極限の動の状態の連続にあって、坐禅という静の状態を求めたのでしょう。
中世の禅堂が残る善昌寺
臨済宗永源寺派の保泉寺