馬込方面で勝利した佐土原兵は、一気に船橋を攻略しようと進撃し、三手に分かれて第2大隊の拠点の船橋大神宮を目指しました。脱走方の一部は、民家ややぶなどから射撃するなどして頑強に抵抗しましたが、佐土原兵は大砲で大神宮を砲撃して焼き、宿場と漁師町は焼き出し作戦をとって放火しました。その結果、脱走方はちりぢりになって敗走していきました。
　この戦火の被害はひどく、五日市で221軒、九日市で562軒の家が焼失させられてしまいました。