函館付近においては、以上述べた中新世の地層を貫いて火成岩が北東地域に多数認められる。これらにはプロピライト、粗粒玄武岩、石英斑(はん)岩、石英安山岩、石英粗面岩、黒岩安山岩、かんらん石玄武岩がある。