24年「中学校令」が改正され、尋常中学校は「各府県ニ一校設置スベキモノ」を基本に、土地の状況によりその数の増減が認められたため、全国的に尋常中学校は増加し、中等教育は急速に整備されていった。北海道では、28年3月14日「札幌区ニ札幌尋常中学校、函館区ニ函館尋常中学校ヲ設置ス」の道庁告示第32号により一度に2校の尋常中学校が開校することとなり″早急に中学校の開校を″との要望が多かった函館にも、ようやく中学校が開校することになった。函館では同時に「明治二十八年三月三十一日限リ函館商業学校ヲ廃止ス」、「函館尋常中学校ハ明治二十八年四月一日ヨリ開始ス」という告示第32・33号が出され、函館商業学校は廃され、校長・教員など職員をはじめ校舎や施設をそのまま移行・改組する形で、翌日から函館尋常中学校として開校したのである。
　28年4月1日の開校に先立ち、3月16日庁令第23号「函館尋常中学校校則及其付則」が制定され、5年の修業年限や学科などが規定された。学年は4月から翌年3月までの1学年制で、入学資格は12歳以上で高等小学校2年を終わった者あるいはそれと同等以上の学力のある男子で、定員は250名、授業料は月額70銭となっている。

商業専修科が入った新築の庁立函館中学校校舎

 
　なお同校には商業の専修科が置かれ、旧函館商業学校の生徒たちは、函館尋常中学校の中の商業専修科生としてそのまま函館中学校へ移行されることとなった。商業専修科の校舎には、女子高等小学校跡地へ新築中だった中学校の校舎が充てられた(明治27年「区会」)。函館尋常中学校校則中の「商業専修科規程」によると、専修科の修業年限は3年、入学資格は本科2年修了あるいは14歳以上で本科2年修了と同程度の学力ある者とされた。つまり1、2年は合同で、本科3年目の時にはじめて尋常中学科と商業専修科に分かれるのである。教科内容は以前の商業学校と大差はなく商業教育の本質はそのまま引き継がれ、卒業生の質の高い商業経営の実務能力も衰えることなく引き継がれた。商業専修科は実地・実務演習を重視し、英語を採用する一方、32年度からはロシア語をも加えた。