函館分校は翌20年4月廃止となったが、前述の時任の意向を受け、分校廃止後に設立された女学校が、22年7月に私立函館学校跡に開設した公(区)立函館女学校である。「独リ年少女子ノ教育ノミナラス尚一歩ヲ進メテ成年婦女ヲ教化スルノ必要アルカ故」(明治20、21年「区会議事録」)に設けられた1校で、「女学校規則」(同前)によると、入学資格は小学尋常科卒業あるいは同等の学力有る者で、学科は文学と手芸の2科に分かれ、修業年限は4年、授業料は60銭となっている。また本科に就学できない生徒のためには「近易ノ学芸」を授ける別科も設置された。
　24年5月には9名の卒業生を出した(5月2日付「函新」)が、25年の区会で26年度から小学校へ組織替えをすることが決議され、校名も函館女子高等小学校と改称された(明治26年「区会」)。
　この後38年5月の庁立函館高等女学校の開校まで、函館では公立の教育機関による女子中等教育は中断する。なお翌27年この地へ中学校が新設されることになり、女子高等小学校は元町1番地の函館支庁敷地内へ移転している。