また、協会の財政基盤となる会員の会費問題であるが、当初は常会員が15銭、各地会員が12銭を毎月負担することになっていた。しかし翌15年7月、常会員10銭、各地会員7銭に値下げされ(同上書、第1号)、17年には、再び半年間で常会員90銭、賛成会員60銭に値上げされている(前掲『沿革誌』)。その他、16年7月には函館県より300円の下渡があり、明治23年には函館区より60円の補助金が交付され、以後20年代を通じて、毎年補助金が交付されていたのである(同上書)。