同年六月二十五日から第二回臨時市議会が開かれ、合併協議会の設置について審議することになった。合併慎重の議員から「議員の残任期間」および「合併形式」をめぐって質問が集中し、吉田市長は「議員の残任期間は函館市の議員の残任期間に合わせる。」「合併形式は責任ある態度で対等の立場に向かって努力する。」と答弁した。
　最終日の二十九日夜、「合併協議会設置案」を賛成一五、反対九で可決した。
　六月三十日から第二回定例市議会が開かれ、再び合併問題について、「合併形式」「合併後の亀田市域振興計画案」などについて一般質問があり、「合併形式については合併協議会で決定する。」「亀田市域振興計画の第一次素案については、合併協議会において函館市にも理解してもらうよう努力する。」とそれぞれ市長および助役より答弁があった。