明治二年七月八日開拓使本庁は仮りに民部省内に置かれ、同年八月には太政官内に移され、その後更に明治二年九月三十日函館に開拓使出張所が開設され、以後これは開拓使本庁としての機能を果たすようになった。このため東京の開拓使庁は明治三年閠十月九日廃止され以後開拓使東京出張所とされた。

明治3年3月開拓使印(印鑑留北海道蔵)

　このようにして函館開拓使出張所が開拓行政の中心となったのであるが、それも短期間のことで、明治四年三月札幌の開拓使庁が竣功するや、五月には開拓使本庁の機能は函館から札幌へ移され、札幌開拓使庁として開庁されることになった。
　一方函館開拓使出張所は、明治四年五月函館出張開拓使庁に、翌明治五年九月十四日には開拓使函館支庁と改称されるなど、行政組織の一部改革や名称の変更がめまぐるしく行われた。