本末制度は寺院の本山と末寺との関係を定めたもので、この制度によってすべての寺院は本末組織に組みこまれるようになったといわれる。【齢松寺】これは階層的な統属関係の成立を示すもので、たとえば明和年間、浜松後道齢松寺(東本願寺の末寺)の住持が遠州の山奥へ棟木をさがしに行っているのも本山の命によるものであった(これを物語として記した『遠山奇談』は奇書として知られている)。