貝塚は、堆積している多くの貝殻から、雨水等により溶けて流れ出たカルシウムイオンが、捨てられている食料の残り滓や縄文人が食料とした哺乳動物・鳥類・魚類などの骨・歯・角・牙などに浸透し、それらの物体をしだいに化石化する現象を起こして溶け難い物体へ変えるために、腐食せずに残っているというメリットがある。一方の低湿地・泥炭層遺跡は、動植物などが水中や泥の中に長期にわたり浸っているため、外部から侵入する腐敗バクテリアを防ぎ、いわば缶詰に似たような状態が自然に作り出されていたからであろう。
　本県において貝塚を残した人々が捕食した貝類には、海水性(鹹水性とも書く、貝の大半が含まれる)、汽水性(通常シジミといわれるヤマトシジミの類)、淡水性(カラスガイ・イシガイ・カワシンジュガイ・マシジミ・タニシ等)、陸産(マイマイ・ヒダリマキマイマイ等)がある。その種類は斧足(ふそく)類(二枚貝)で表5に示したように52種(帽子屋敷貝塚でオキアサリが出土しており53種となる)、腹足(ふくそく)類(巻貝)は51種(表6)で、このほかにツノガイ・フジツボの類や、ムラサキウニ・ウニ類などを含めた殼が発見されている。




　魚類は、骨のような硬組織から鱗の類を含めて35種(表7)にのぼり、哺乳類では、陸棲・海棲を含めて27種(表8)、鳥類は15種(表9)である。



　これら主に貝塚などから発見される硬組織の遺物を見ると、例えば貝類では、海水性のものは砂泥の海に棲息する貝なのか、あるいは岩礁の海を好むものかによって、貝を捕えた当時の海辺の環境を知ることができるし、また塩分の濃い場所なのか、河口に近いため川水が流入するような塩分の薄い場所なのか、などの問題も縄文人の食生活を知る上で重要であろう。
　魚類にしても沿岸魚か回遊魚か、暖流あるいは寒流種かの問題、鳥類では季節的に渡り鳥か否かなども、縄文人の食生活並びに活動の面からも無視できない。哺乳類にしても同様のことが言えるであろう。
　さらに、捕食したこれらのものに対するカロリー面まで調べて見れば、貝塚を残した人々の栄養状態まで考察することもできよう。同様のことは、低湿地や泥炭層遺跡でも言える。特にこれらの遺跡は、骨歯角牙(こっしかくが)のような硬組織のみならず、軟質の植物質の遺物も多く残している。
　他県の例を引用すると、縄文時代前期前葉に属する福井県三方郡三方町の鳥浜貝塚(貝塚を伴う低湿地遺跡)では、植物堅果種子(けんかしゅし)類が37種出土し、その中に、食用となるカヤ・クルミ・スダジイ・オニハス・リョクトウ・ムクロジ・ブドウ・マタタビ・ヒシ・ヤマボウシ・シソなどのほかヒョウタンも発見されており_*114、至近の例では青森市三内丸山遺跡において、前期の円筒下層aないしb式土器を包含する土層から、クルミ・トチ・ヤマブドウ・クリ・コナラ(ドングリ)・キイチゴなどの食用となる堅果種子も出土している。特に、ヤマブドウや食用に向かないニワトコ・サルナシなどもあって、これらを原料に酒を醸造していた可能性も考えられよう_*115。
　縄文時代晩期になると、木造町の亀ヶ岡遺跡では、種子・毬果(きゅうか)・木材など17種が発見され、花粉分析によると20種の樹木・15種の草類が検出されている_*116。
　これらの中で食用となるものは、オニグルミ・トチ・ブナ・スモモ・モモ・ハイイヌガヤ・ナラ・クリ・アケビ・タラノキなどの堅果や、種子・木芽であり、草木ではソバ・ヨモギ・セリ・ハコベ等である。八戸市是川中居遺跡では、15種の堅果・種子・木材の中で、クリ・トチ・クルミ・ブドウ・アケビの5種が食用となり_*117、南津軽郡平賀町の石郷遺跡では、出土した6種の植物性遺物の中でブナ・トチ・オニグルミなどの実が食用になろう_*118。このほかにも、加工の仕方により食用となるものも存在すると思われる。