トップリーグ開幕元年は、ラグビーワールドカップ2003オーストラリア大会の開催と同じ年となる。
初年度シーズンは、関東・関西・九州での社会人リーグより、上位チーム合計12チームでのスタートされた。
最終年となった第55回全国社会人大会は、最後の栄冠を決めるということに加え、出場16チームによる初年度トップリーグ出場をかけた激しい争いとなった。
東日本社会人リーグ
①NECグリーンロケッツ
②クボタスピアーズ
③サントリーサンゴリアス
④三洋電機ワイルドナイツ
⑤セコムラガッツ
⑥東芝府中ブレイブルーパス(現東芝ブレイブルーパス)
⑦リコーブラックラムズ
関西社会人リーグ
⑧近鉄ライナーズ
⑨神戸製鋼コベルコスティーラーズ
⑩ヤマハ発動機ジュビロ
⑪ワールドファイティングブル
西日本社会人リーグ
⑫サニックスボムズ(現福岡サニックスブルース)
初の全国リーグとなるトップリーグは12チームによる総当り戦でおこなわれ、チームあたり11試合全66試合のリーグ戦となる。また、リーグ戦の成績より下位2チームが自動降格となり、地域リーグ上位チームとの自動入替の仕組みがあり、熾烈な順位争いが繰り広げられた。
さらに、トップリーグには、12チームによる「リーグ戦」タイトルに加え、8チームによる「トーナメント戦」で行うカップ戦のタイトルも同時に設立された。トップ8トーナメント「マイクロソフトカップ」である。
トップリーグのシーズン成績上位8チームによるトーナメント戦として戦われ、リーグ戦にはない一発勝負の醍醐味を持つ、リーグ戦以上に緊張感のある大会となった。