平成14年の開幕以降、3シーズンを終えたトップリーグは、掲げる活動目標の達成にむけ大きな改革に着手した。
　トップリーグの存在意義と役割を見直し、更なる活性に向けトップリーグは以下のような取組みを行う。
【ジャパンラグビーピラミッド】
　ジャパンラグビートップリーグは、日本ラグビーの頂点に位置し、国内「最高峰」のラグビーリーグとして「日本一」を競う。そして、日本代表の基礎はトップリーグが支えている。
【トップリーグの活動目標】
　1.恒久的な日本最高峰の試合提供と国民の誇りとなる日本ラグビーのレベルアップを目指す。
　2.ラグビー競技の普及による健全な青少年の育成とスポーツ文化振興への貢献。
　3.企業スポーツのトップモデルとして、ラグビーを通じた社会及び地域貢献の実現。
【トップリーグ改革のスローガン】
　「日本にはトップリーグがある」を提案
【トップリーグ参加チーム拡大とプレーオフ制度の導入】
　平成18年度トップリーグ加盟チーム数を14チームに拡大し、試合数を91試合に増加させる。
　プレーオフ制度を導入しリーグ戦終了後に上位4チームがプレーオフに進出。

　トップリーグの活動目標にある4つの活動目標の達成は、日本ラグビーの活性に寄与することであることを再確認し、トップリーグの役割をさらに明確にするとともに、その具体化のための施策として、トップリーグ加盟チーム数の拡大と、プレーオフ制度の導入に着手することとなった。
　トップリーグ設立より12チームであったリーグ戦に、新たに2チームを向かえ、全14チームによる91試合のリーグ戦へと拡大。1チームの試合数も13試合へと増加した。
　さらに、トップ8トーナメントを発展的に解消し、トップリーグのチャンピオンを決定するプレーオフ制度を導入し、リーグ戦上位4チームによる優勝決定トーナメントを行うこととなった。
　これにより、これまで二つの年間タイトル「リーグ戦王者」「トーナメント戦王者」がひとつに絞られ、トップリーグの栄冠を争奪する仕組みが、チーム数とシステム変更によりさらに白熱する形となった。
　「ラグビー界の好循環」をトップリーグが起点となることを目標にする。
　トップリーグの活性による、認知・意識・意義、そして企業スポーツの向上が、ラグビー界に良い循環をもたらし、その成果はトップリーグのレベルアップだけには留まらず、「日本代表の強化」というラグビー界の至上目標へとつながることとなる。
　さらに「強い日本代表」が存在することで、日本国内でのラグビー競技の認知向上が期待できるようになる。日本代表のステータスやメディア露出の向上は、「ラグビー人気」を押し上げラグビー普及への足がかりとなるに違いない。
　認知度・観客数の増加は「ラグビー人気」の指標となり、日本ラグビー界を支援する協賛・協力企業の関心も高まるとともに、トップリーグ加盟企業のラグビー支援体制を確固たるものにすると考えた。
　このラグビー界の好循環をトップリーグが起点となり、大きな推進力として日本ラグビー界を牽引していくことが重要であると結論付け、ジャパンラグビーピラミッドの土台として「強化と普及」の両輪となり、その成果を着実に積み上げることがラグビー界にとって重要であることを認識した。
　このトップリーグ設立4年目は「日本にはトップリーグがある」を宣言した改革年となった。