La chute des équipes de rugby populaires qui avaient soutenu le rugby universitaire, telles que Waseda, Keio et Meiji, a contribué à réduire la participation aux matchs de rugby. Avec cette situation, la JRFU a introduit un système de championnat en organisant des matchs où le champion de rugby d'entreprise et celui de rugby universitaire se rencontraient pour désigner le vrai champion du Japon. Lors de la 1ère Coupe NHK, le 29 janvier 1961, Yahata Steel Works est devenu le premier champion à battre l'Université Nihon par un score final de 50-13. Le 3ème championnat étant le dernier, la Coupe NHK a été dissoute. En 1963, ce championnat a ensuite été renommé Championnat de rugby japonais. Lors du premier championnat de rugby japonais, organisé en mars 1964, quatre équipes participaient. Doshisha a rencontré Yahata Steel Works et Hosei a rencontré Kintetsu. La finale a eu lieu deux jours plus tard, le 22 mars. Doshisha a battu Kintetsu 18-3, remportant le titre de première championne du Japon. À partir de l'année suivante, le championnat de rugby japonais a eu lieu le 15 janvier, jour de l'entrée dans l'âge adulte. Cela a rapidement augmenté la popularité du rugby au Japon.
Le All-Japan University Rugby Championship a débuté un an plus tard, en 1964, après le Japan Rugby Championship. Lors du premier All-Japan University Rugby Championship organisé le 10 janvier 1965, Hosei battit Waseda 14-6 et devint le premier champion universitaire. Le All-Japan Univeristy Rugby Championship a été reconnu comme un événement annuel du Nouvel An et continue à gagner en popularité parmi les fans de rugby avec la compétition opposant principalement Waseda, Meiji, Keio et Doshisha. Après 1997, Kanto Gakuin est devenu très compétitif avec Meiji et Waseda. Waseda a remporté le titre en 2008, tandis que Teikyo a remporté le championnat deux années de suite, en 2009 et 2010.