戸沢氏の移封後、その旧領は二分され、南側三万石は水戸藩主徳川頼房の領地となり、北側一万石は陸奥赤館（のち棚倉に変更）の丹羽長重の領地に編入された。北茨城市域の内、水戸藩編入となったのは大津町、磯原町、中郷町の区域に該当する村々であり、平潟町、関南町、関本町、華川町の区域の村々は、いずれも赤館の丹羽氏の所領に編入ということになった。

　丹羽長重は元和八年（一六二二）十一月付で常陸国古渡（ふっと）（稲敷郡桜川村）から陸奥国赤館（福島県東白川郡棚倉町）四万石に移封になったが、同年六月には一万石を加増されて五万石になった。当地方に丹羽氏の領地ができたのはこの時である。寛永元年（一六二四）、長重は、赤館の西南およそ二キロメートルの棚倉の地に亀ケ城を新築してここに移った。棚倉藩領と呼ばれたのはこのためである。時代が下って慶応二年（一八六六）十二月、時の棚倉藩主松平康英が武蔵川越（埼玉県川越市）に移封となった際、常陸国多賀郡内の棚倉領の村々は、川越藩の所領に編入となった。したがって、当地方には棚倉領は存在しないこととなったのである。

　ところで、当地方の近世関係の文書にはよく「松岡郷○○村」と記したものが多い、これは棚倉藩が藩政の必要上用いた地域区分の称呼で、勿来（いわき市勿来町）方面の諸村を窪田郷、それに対して多賀郡内の諸村を松岡郷と呼んでいた。これは、これらの村々が、旧松岡城主戸沢政盛の所領となっていたため、従来松岡領と称していたので、それを踏襲し、松岡郷と称したものと考えられる。

　一方、大津町、磯原町、中郷町の諸村は、いずれも徳川家康の子頼房を初祖とする水戸徳川家に所属し、その支配を受けることとなった。戸沢氏移封後、水戸藩に編入されたこれらの村々は、以後明治にいたるまで水戸藩領であったが、文化元年（一八〇四）に、附家老中山氏が松岡を居所とし、知行地として給せられていたところを別高（べつだか）と称し、水戸領内松岡附と称するようになった。これは中山氏が、御三家の附家老であるという立場から、特別の扱いを受けたためであろう。もっともこれも斉昭の天保改革で廃止され、大名待遇の別高の称はなくなった。