この調査によって遺跡の存在が確認されたため、協議を行い、改めて範囲確認調査を行って遺跡範囲を確定することなどの合意を得た。これを受けて、小平市教育委員会職員立ち会いのもと建物の基礎撤去が行われたが、その後の経済状況の変化等によって、平成二四年三月現在、範囲確認調査は実施されていない。一方、遺跡の発見にともない平成一九年一二月一二日付で東京都教育委員会に発見届けが提出され、平成二二年度版『東京都遺跡地図』に登載されて、周知の遺跡となっている。
　その後、遺跡に程近い花小金井南町一丁目の花小金井南中学校の校舎増築に先立ち、この花小金井南遺跡の発見を念頭に、国および都の補助を受け、平成二〇年度市内遺跡第一地点として遺跡の有無確認調査を実施した。調査は平成二〇年七月七日から七月一二日にかけて、実質六日間行われ、三mグリッドを三か所設定し、全体をⅤ層上部まで、一部Ⅹ層上部まで掘り下げたが、旧石器時代に属する遺構、遺物は発見されなかった。