ところで、政府はこのような状況に手をこまねいているわけではなかった。延喜二年荘園整理令が発布され、荘家新立および王臣勢家による山川藪沢の囲い込みを禁止した。そして班田収授の実行と調（ちょう）・庸（よう）の納入期日厳守を命じたが、効果を認めることができなかった。
　そこで政府は、国司に対し基準国図（一国の公田の基本台帳）をもとに、一定の貢納物を朝廷に上納することを義務づけ、そのかわり大幅に国司の支配権を拡大した。公田は、田堵（たと）とよばれる農民に請作させ、その田地の単位を「名（みょう）」として把握するようになる。
　ところで、国内支配権を大幅に認められた国司は、段別賦課率法の変動権や検田（けんでん）権を掌握し、自己の武力を背景に非法を行うことことが社会問題となっていく。永延（えいえん）二年（九八八）の「尾張国郡司（ぐんじ）百姓等解文（げぶみ）」は有名であるが、近江国でも長元（ちょうげん）九年（一〇三六）に、百姓ら五・六〇〇人が大内裏（だいだいり）の陽明門（ようめいもん）に参集して、国司藤原実経（さねつね）の非法を愁訴している（「長元九年記」）。
　このように国司制度の変容は、郡にも及び、郡衙（ぐんが）の権限が国衙に吸収されていった。また、郡自体も分割されていく場合があった。甲賀郡の場合、康平（こうへい）元年（一〇五八）十一月付の「秦安成解（はたのやすなりげ）」（『平安遺文』九二〇号）によって東西に分割されていたことがわかる。これは甲賀郡を甲賀谷と信楽谷に分割したものと思われる。この東西の郡には、それぞれ郡司が置かれた。時代は下るが、保安（ほうあん）四年（一一二三）、儀俄（ぎが）荘と国衙領との堺相論で、国司庁宣が甲賀東郡司宛に出されており、東郡司がこの相論の調査に加わっていたことが知られる（『平安遺文』一九九一号）。