六角氏の名称は京都における邸宅が六角東洞院（ひがしのとういん）に所在したことに由来する。六角泰綱（やすつな）が氏信の三男でありながら家督を継いだ理由として、さきに述べたように信綱が北条泰時の妹との間にもうけた子息であったことが考えられる。
これに対し、長男重綱（しげつな）の母の出自は伝わっていない。信綱の死後、重綱と泰綱の相続権をめぐる争いが幕府に持ちこまれ、その中で重綱が泰綱の所領の中に不法に押領したものがあると訴えた。幕府は親権不介入の原則から泰綱の家督相続は認めたものの、その不法押領地を没収した。承久の乱後、西国の有力守護の勢力を抑えようとする幕府側の姿勢の表れである。この結果六角氏は守護家としての立場は確保したが、近江国内の所領の多くを失い、一時的な勢力後退を余儀なくされた。
鎌倉中期以後庶子家がつぎつぎに独立し、京極家が関東とのつながりを深める中で、六角氏は近江国内の支配体制の整備に着手した。その結果、鎌倉末期には、秀義流の馬淵氏、佐々貴氏から分かれた三上・平井・真野・木村・伊庭（いば）・楢崎（ならさき）氏、他姓出身と考えられる目賀田（めかた）氏や高井氏らを家臣団に編成した。彼らの大半は蒲生・神崎・愛知郡に集中しており、近江国北部には存在していない。
中でも馬淵氏は、六角泰綱のころから守護代（しゅごだい）の地位にあった。その本拠地は蒲生郡馬淵荘（近江八幡市）で、佐々木庶子家の中では六角氏の居館小脇（おわき）（八日市市）に近いことが、馬淵氏の早い段階での家臣化、守護代化につながったのであろう。当時の守護は在京しているのが通例であったので、国元で守護の職務を代行する守護代の存在を必要としたのであり、泰綱以後一部の例外を除いて、代々馬淵氏が守護代に補任されている。六角氏は守護代の下に、郡単位で守護の意志を執行する「郡守護使」と呼ばれる代官を設置して領国経営にあたった。任国におけるこのような支配体制の整備は、同時代の他の守護には認められない動きである。六角氏が独自の領国経営を模索した背景のひとつとして、泰綱の時代に家督相続をめぐる相論をきっかけとして近江国内の所領の多くが幕府に没収されたことがあげられよう。勢力後退の危機感の表れが六角氏に任国の支配体制の整備を急がせた要因と考えたい。
一方、京極氏は泰綱の弟氏信から始まる。母は泰綱と同じく北条泰時の妹で、三庶子家の中でもっとも優勢を誇ったのはこのためである。その名称は在京御家人として京都に構えた屋敷が高辻（たかつじ）京極にあったことに由来する。おそらく父信綱が泰綱に六角東洞院、氏信に高辻京極の邸宅を分け与えたのであろう。坂田郡柏原荘（山東町）に本拠を置いたが、京極氏の主たる活動の舞台は近江国ではなかった。泰綱と信綱に分配されたのは京都における邸宅だけではなかった。父の担った職務に関しても、両者は分かち持つことになるのである。
図36 京極・六角氏の系図
泰綱が父信綱の近江守護職を継いだのに対し、氏信は父同様、幕府から評定衆に選ばれるとともに、伯父広綱以来の検非違使に任命された。氏信の子孫も続いて評定衆や検非違使に補任されており、京極氏の活動の場は京都や鎌倉にあったのである。幕府は、西国出身の御家人という秀義以来の佐々木氏の血筋をかって、公武関係の調整を京極氏に期待したものと思われる。しかもそれを京極氏に割り当てることで、近江国における佐々木氏の勢力を分断する意図が働いたに違いない。このような幕府側の意図が、室町期の六角・京極の並存という状態を生み出したのである。