徳川幕府の農民支配の根幹にあったものは、土地の掌握とそれによっての年貢の収納であった。そのためすべての土地の測量を実施し、年貢の負担者である本百姓を決定し、名請人（なうけにん）として検地帳と称する土地台帳に登録していった。すでに検地については、豊臣秀吉が実施した太閤検地があるが、慶長検地といわれる慶長七年（一六〇二）に実施された検地は、関ケ原合戦ののち、徳川家康が勝利を得たことによる論功行賞のために実施したものである。
　しかし、ここで注意しなければならないのは、慶長検地が実質的には徳川家康の実施した検地であり、それを担当した検地奉行も家康の代官クラスが任ぜられている反面で、家康自身はまだ征夷大将軍に任ぜられる以前のことで、政権は名目上とはいえ大坂城（大阪市）にいる豊臣秀頼にあり、あくまで公儀の名のもとに行った家康の検地であるということである。
　甲賀郡では、林伝右衛門・青木勘右衛門・山田甚太郎・坂井主水（もんど）・久保嶋孫兵衛・佐野長三郎・加藤半蔵らの検地奉行によって慶長七年九月に実施された（『甲賀郡志』上巻）。石部・東寺・西寺の各村でも実施されており、林伝右衛門・坂井主水らがその実施にあたった。この検地によって近世の村がおよそ確定されたのである。すなわちここで確立された村が近世社会における最小の単位となり、前節で触れてきた村の単位でもある。そしてそれが年貢徴収の基本単位として位置づけられたのである。
　その村域は、中世以来の庄・郷の単位が地域的なまとまりをみせ、川や尾根線などの自然境界で確定されるものをはじめ、条里地割によって確定されたものもあった。こうした近世的村落の成立の背景には、近世の封建領主が旧来の名主層による中間搾取を排除し、直接的に農民を把握しようとする動きと、その一方で地域的結合を基盤として小農層の自立化の動きが一致したことなどがある。
　石部町域の村々の場合は、慶長期より約一〇年ほど早く村切りがなされ、近世的な萌芽（ほうが）がうかがえる。それは天正十九年（一五九一）、秀吉が徳川家康に石部・東寺・西寺の三ケ村を与えたという記録が残り（『石部町史』）、これまで石部三郷としてひとつのまとまりであったものが、村切りがなされて三ケ村が独立したと考えられる。その三ケ村がこの慶長期に至っても引き継がれ、近世村落の単位となる。その三ケ村の村界は、大字界を記す地図などをみても直線的でないことから、自然的な境界によって比較的容易に村域が決定されたものと推察される。