同十二年（一八七九）九月二十九日、太政官布告第四〇号をもって教育令が公布された。一般に自由教育令と呼ばれ、学制における中央統制を改めて住民の自由に任せようとするものであった。教育令の規定によれば、その大綱は次のとおりであった。
一、学制では八年の就学を原則とし、少なくとも十六ケ月就学すべきものとした。
二、公立小学校では八年を原則とし、四年まで短縮できることにした。毎年四ケ月以上授業するものとした。
三、学制では学校で教育を受けるとされていたが、学校に入らなくても別に普通教育を受ける方途があれば就学とみなした。
四、以前は学区を設けて小学校を設置することにしていたが、町村、または数町村合併で設置してもよいと定め、私立学校のあるところは公立学校は設置しなくてもよいとした。
五、学校を設置する資力に乏しいところでは教員が巡回する方法によることも認めた。
六、学校の事務管理に学務委員を置くことにした。
二、公立小学校では八年を原則とし、四年まで短縮できることにした。毎年四ケ月以上授業するものとした。
三、学制では学校で教育を受けるとされていたが、学校に入らなくても別に普通教育を受ける方途があれば就学とみなした。
四、以前は学区を設けて小学校を設置することにしていたが、町村、または数町村合併で設置してもよいと定め、私立学校のあるところは公立学校は設置しなくてもよいとした。
五、学校を設置する資力に乏しいところでは教員が巡回する方法によることも認めた。
六、学校の事務管理に学務委員を置くことにした。
この教育令に基づき同十三年九月学校保護役を廃し、学務委員が置かれた。石部の場合、従来の保護役及び戸長がこれにあたった。
同年十二月には改正教育令が公布され、再び国の統制を強め、就学義務の強化、小学校設置の規定は各府県知事が指示、教員の任免は府県知事が行い、教育養成学校として府県に師範学校設置を義務づけた。
小学校には初等科・中等科があり、それぞれの就学年限は三年で一級から六級に分けられていた。春と秋に試験が行われ、六級から順に昇級した。また、初等科と中等科を卒業する時はそれぞれ大試験が行われた。同十四年五月には、改正模範教則に基づき、上等・中等・下等と学級編成を改めた。
写172 小学読本 明治10～20年代に滋賀県下の小学校で使用された教科書（石部町歴史民俗資料館所蔵）。
同年六月には小学区が改正され、石部学校は第三番小学区、通学区域は石部村と定められ、詳議学校は第四番小学区、通学区域は東寺村・西寺村と定められた。また、同年九月には石部学校入退学規則及び生徒心得がそれぞれ次のように制定された。
石部学校生徒入退学規則
石部学校 生徒心得
第一条 児童満六年ニ及ブ者ハ総テ入学セシムルモノトス。
第二条 児童満六年ニ及バズト雖モ父兄ノ望ミニ任セ入学ヲ許可ス。
第二条 児童満六年ニ及バズト雖モ父兄ノ望ミニ任セ入学ヲ許可ス。
第三条 児童満六年ニ及ビ理由ナクシテ入学セザルモノハ学務委員ヨリ其父兄ニ説キ必ズ入学セシム。
第四条 生徒半途ニシテ退学ヲ乞フモノアルトキハ其事故ヲ調査シ事実不得止モノト認ムルトキハ学務委員ヨリ其意見ヲ附シ郡長ノ認可ヲ経ルモノトス。
第五条 満十四年ニ及ブト雖モ未ダ小学全科ヲ卒業セズシテ退校セント欲スルモノハ其父兄ニ説キ尚入学セシム。
石部学校 生徒心得
第一条 昇校ハ授業時間ヨリ早着スベシ。
第三条 教場ニ於テハ渾テ教師ノ指揮ニ従フベシ。
第四条 教場ノ出入ハ必ズ順序ヲ正スベシ。
第五条 授業必須ノ書籍器械ヲ失念シ来ルベカラズ。
第六条 教場ニアリテハ外見談話スベカラズ。
第八条 雨衣ヲ着シ載帽頚巻ノ侭教場ニ入ルベカラズ。
第九条 校内ニテ大声ヲ発シ或ハ疾走スベカラズ。
第十条 教場装置ノ書籍器械等ヲ使用玩弄スベカラズ。
第十一条 放歌ヲナシ或ハ食物ヲ持来ルベカラズ。
第十二条 校ノ内外ヲ論ゼズ荀モ危険ノ遊ヲ為スベカラズ。
第十三条 他生ノ妨害トナルベキ事ヲ為スベカラズ。
第十四条 紙筆墨ヲ始メ其他ノ品物等ヲ貸借スベカラズ。
第十五条 傘履ヲ乱シ或ハ便所ヲ汚スベカラズ。
第十七条 放課後時間タリトモ故ナク外人ヲ併ヒ校ニ入ルベカラズ。
第十八条 休日ノ外ハ必ズ登校スベシ。
第十九条 病気事故アリテ欠席スル者ハ其理由ヲ届出ヅベシ。
第二十条 学校往復ノ途上ニテ遊戯スベカラズ。
第二一条 登校退校ノ節ハ教師ニ礼ヲ述ブベシ。
第二二条 無用ノ玩弄物ヲ持来ルベカラズ。
第二四条 妄リニ玄関先ヘ出デ或ハ窓戸等ヨリ外人ニ接スベカラズ。
第二条 授業時間ニ後レ来ル者ハ必ズ其理由ヲ陳シテ教師ノ指揮ニ従フベシ。
第三条 教場ニ於テハ渾テ教師ノ指揮ニ従フベシ。
第四条 教場ノ出入ハ必ズ順序ヲ正スベシ。
第五条 授業必須ノ書籍器械ヲ失念シ来ルベカラズ。
第六条 教場ニアリテハ外見談話スベカラズ。
第七条 授業中猥リニ席ヲ離ルベカラズ已ヲ得ザルトキハ教師ノ許可ヲ受クベシ。
第八条 雨衣ヲ着シ載帽頚巻ノ侭教場ニ入ルベカラズ。
第九条 校内ニテ大声ヲ発シ或ハ疾走スベカラズ。
第十条 教場装置ノ書籍器械等ヲ使用玩弄スベカラズ。
第十一条 放歌ヲナシ或ハ食物ヲ持来ルベカラズ。
第十二条 校ノ内外ヲ論ゼズ荀モ危険ノ遊ヲ為スベカラズ。
第十三条 他生ノ妨害トナルベキ事ヲ為スベカラズ。
第十四条 紙筆墨ヲ始メ其他ノ品物等ヲ貸借スベカラズ。
第十五条 傘履ヲ乱シ或ハ便所ヲ汚スベカラズ。
第十六条 跣足又ハ上草履ニテ地上ニ下リ或ハ下草履ノママ上校スベカラズ。
第十七条 放課後時間タリトモ故ナク外人ヲ併ヒ校ニ入ルベカラズ。
第十八条 休日ノ外ハ必ズ登校スベシ。
第十九条 病気事故アリテ欠席スル者ハ其理由ヲ届出ヅベシ。
第二十条 学校往復ノ途上ニテ遊戯スベカラズ。
第二一条 登校退校ノ節ハ教師ニ礼ヲ述ブベシ。
第二二条 無用ノ玩弄物ヲ持来ルベカラズ。
第二三条 他校ノ教員又ハ戸長学務委員其他尊敬スベキ者ニ逢ヘバ必ズ丁寧ニ目礼ヲ為スベシ。
第二四条 妄リニ玄関先ヘ出デ或ハ窓戸等ヨリ外人ニ接スベカラズ。
第二五条 凡テ生徒タルモノハ品行言語ヲ正シクシテ長上ヲ敬シ幼者ヲ撫シ教師口授スル所ト毎教場ニ提示スル修身学要旨ヲ服膺シ以テ之ヲ其身ニ行ハザルベカラズ。
明治十五年（一八八二）十一月、改正小学校教則に基づき、学級の名称をさらに初等・中等・高等と改め、裁縫の一科を小学校中等科以上の女生徒に限り課することになった。詳議学校でも石部小学校と同じく初等・中等・高等の三等とした。