農業分野の被害も甚大だった。郡山市の同年11月21日時点でのまとめでは、収穫期の水稲を中心とした農作物や畜産物、農業施設、機械、林道などで合計30億円を超える被害が出た。JA福島さくらの施設では、新米を保管していた倉庫や育苗ハウスなどが浸水した。市内日和田町八丁目で大規模な菌床シイタケを栽培している特定農業法人「アグリプロ八丁目」では、ハウスを含む施設全体が浸水被害に遭い、菌床シイタケ6万玉以上が全滅した。