第5波以降は、さらに感染者数が急増したことから、宿泊療養に加えて自宅療養も許容されるようになった。軽症で重症化リスクが小さい感染者のうち、宿泊施設を希望しない者が自宅療養となる。第6波以降はさらなる感染の拡大により自宅療養が主流となったため、自宅療養者の支援体制の確立が急務となった。

　当初、保健所が全ての自宅療養者に毎日2回、電話での健康観察（体温と酸素飽和度の確認）を行っていた。感染者増に伴いすべての自宅療養者に保健所が対応できなくなったため、郡山医師会の協力を得て、自宅療養者に対する健康観察に加えて、症状が悪化した場合の電話診療や解熱薬等の処方を行う医療機関の募集を行った結果、110ヵ所の市内医療機関の協力を得た。また、上述の医療機関からのFAXで処方箋を受け、処方薬を患者宅に配送する配送協力薬局は61薬局が協力した。

　自宅療養者が症状に応じた適切な医療を受けられるよう、郡山医師会、二次救急輪番病院、郡山地方広域消防組合本部と協議を重ね、感染状況に応じた救急医療体制を確保した。自宅療養者が急増した第6波からは、救急医療が必要な患者については、症状に応じて二次救急輪番病院が受け入れることとなり、2022（令和4）年6月24日以降は、5類感染症移行を見据えて、一般診療と同様、Covid19感染症患者についても原則二次救急病院の輪番体制で対応することとなった。