現在までに発見されている山王二十一仏板碑の種子配列を、弘治三年（一五五七）に書写されたといわれる任和寺の『諸神仏曼荼羅』「山王廿一社梵字曼荼羅図式」に依って調べてみると、およそ、次の六種の類型に分類することができる。

　第一類

　　主尊を釈迦種子にして、中央竪列に上七社、その右側に中七社、左側に下七社の各本地仏種子を竪三行に配したもの。

　第二類

　　主尊を定めず、右側に上七社、中央に中七社、左側に下七社の各本地仏種子を三行七段に配したもの。

　第三類

　　主尊を虚空蔵種子にして残り二十社の本地仏種子を四行五段に配したもの。

　第四類

　　主尊を釈迦種子にして残り二十社の本地仏種子を四行五段に配したもの。

　第五類

　　主尊を釈迦種子にして残り二十社の本地仏種子を五行四段に配したもの。

　第六類

　　右に掲げた類型のいずれにも属さないもの。

　以上のように分類することができ、さらに、それらはそれぞれの類型に属する完形の優れた代表的遺例によって、次のような分類名称として表わすことができる。（それぞれの類型に掲げられた数字は、山王二十一仏板碑一覧表の順位番号を示し、それぞれの類型に属する遺例を表わしている。）

　第一類――立石　南蔵院型

　　1・3・7

　第二類――関宿　薬師堂型

　　2・5・26

　第三類――増森　薬師堂型

　　6・8・9・10・11・12・14・15・18・21・23・28・30・36

　第四類――千疋　東養寺型

　　13・16・17・19・20・22・24・32・34

　第五類――柏　聖徳寺型

　　4・27・37・38

　第六類――例外型

　　25

　これらをみると、増森薬師堂型（第三類）の形式によるものが最も多く、つづいて、千疋東養寺型（第四類）に属するものとなっている。年代的には、立石南蔵院型（第一類）、関宿薬師堂型（第二類）、柏聖徳寺型（第五類）のものは、その造立年代が初期のものが多く、増森薬師堂型（第三類）、千疋東養寺型（第四類）、ならびに例外（第六類）のものは、その造立年代が中期から末期のものが多くなっている。

　つぎに、それぞれの種子の配置をみると、同じ類型に属していても、幾分、配置を異にするものもあるが、いずれも種子の配置は、規則にしたがったような順序で配列されている。なかでも、上七社の本地仏種子は、最も重要視され、中央行に、または、上段位に順序立てられている。