前項では、旗本たちが、市域に領地を与えられた頃について概観したが、市域の領主となった旗本と知行所となった村々との関わりがどのようなものであったか、見ていくことにしよう。
　元禄の地方直しにより、曽我・松平（竹谷）・和田氏が市域の領主となる頃には、旗本たちの家筋（家柄）も定着していた。
　表6―2を一覧して分かるように、馬医として幕府に仕え、後に甲府勤番となった桑嶋氏以外は、書院番や小姓組番といった「番方」に就任する家筋であったことがわかる。一方、勘定奉行や勘定吟味役以下、勘定所関係の役職を「役方」といい、家柄もさることながら、本人の能力次第で昇進できる道が開けていた。市域の旗本領主に、そうした「役方」を勤めた者がいないということは、つまりは「番方」筋の家柄であり、家禄の多寡はあるが〝譜代直参〟を誇りにするような旗本諸家であった。

　旗本等幕臣団の財政基盤は、知行所村から上がってくる年貢米が基本で、この年貢米を換金したものが収入のすべてであった。もちろん、そのすべてが領主の取り分なのではなく、三〇～四〇％が領主分であったろう。従って、水害や旱魃などの天候不順により凶作になれば、年貢収納が減ることになり、領主の収入も減るわけである。そのため、領主は毎年の収穫の豊凶を見て年貢率を決める検見取の他に、豊凶に関係なく過去数年の収穫量から平均した定率の年貢を納めさせる定免法を実施して、収入の確保を計ったのである。
　旗本は、有職・無職に関係なく、代々家禄が引き継がれ、落ち度があって減禄や改易されない限り、その収入は保証される。逆にいえば、目覚ましい活躍をして、あるいは、長年にわたり無事職務を全うし、一種の褒美として加増をされるなどがなければ、収入が増える素地がまったくなかった。
　江戸開幕以来泰平の世がつづき、社会経済、商品流通が発達し、生活文化が向上するに従い、大消費都市江戸に生活する旗本等の支出も増大していったが、収入の増加を見込めない旗本たちにとって生活資金の限界を越えるのに、そう時間はかからなかった。寛永十年に地方直しが実施された背景には、旗本の困窮を救う目的があったと先にも述べたか、ようするに、江戸時代の初めより、旗本たちは慢性的な財政難にあったのである。
　市域の旗本たちも、以上のような財政難に陥っていたことは容易に推測できようが実際はどのようであったか、桑嶋氏と浅井氏を例にとって、財政難にあえぐ旗本と知行所村の対応を見てみよう。