平安時代に書かれた慈覚大師の伝記によると，円仁が生まれたとき，その家の上に良いことの印である紫色の雲がたなびいたといいます。
壬生寺に残る「産湯の井戸」
円仁が生まれた所は都賀郡というだけで，はっきりした場所は分かりませんが，壬生町の紫雲山壬生寺(しうんざんみぶじ)が誕生の地であるという言い伝えがあります。
江戸時代初期の記録によると，現在の壬生寺周辺は「お里」と呼ばれており，円仁の生まれた所と言い伝えられてきました。壬生町には，国・県指定の古墳も数多くあり，国府跡・国分寺・国分尼寺跡も近く，円仁が生まれた当時も文化的に恵まれ，開かれた地域であったと想像できます。現在，壬生寺には円仁が生まれた時に産湯として使ったという「産湯の井戸」が残っています。
円仁は生まれつきおだやかで，頭のよい少年だったといわれています。幼いころから兄についてお経の本などを学び，9歳になったとき，大慈寺(だいじじ)(栃木市岩舟町小野寺)の高僧広智(こうち)のもとで，仏教を学び始めました。
大慈寺・大師堂
広智は鑑真和上の弟子である下野薬師寺の道忠(どうちゅう)の弟子でした。円仁はお経の本が納めてある蔵に入り，たくさんの本を読みあさったといいます。少年時代の円仁は，大慈寺だけでなく，広智と道忠との関係から，下野薬師寺でも多くのことを学んだのではないかと想像できます。