1590(天正18)年，豊臣秀吉の小田原攻めにより，後北条氏に味方した壬生氏も滅亡しました。壬生氏の領地は取り上げられ，新しく下総結城(しもふさゆうき)の結城秀康
※の領地になったといわれています。また，この時期に太閤検地が壬生でも行われたようです。
さて，壬生藩は関ケ原の戦いの後，1602(慶長7)年に日根野氏が1万900石で壬生城主になったことに始まり，幕末まで，阿部氏，三浦氏，松平氏，加藤氏，鳥居氏の五氏十四代と続きました。壬生城主の移り変わりについては，幕府がまとめた「寛政重修諸家譜」に下の表のように記録されています。
| 年 | 壬生城主のうつりかわり |
| 慶長7年 | (1602年) | 日根野織部正吉明 | 信濃国(今の長野県あたり)より壬生城主に |
| 寛永11年 | (1634年) | | 豊後国(今の大分県あたり)へうつる |
| 〃 | ( 〃 ) | 阿部豊後守忠秋 | 下総国(今の千葉県あたり)より壬生城主に |
| 寛永16年 | (1639年) | | 武蔵国(今の埼玉県あたり)へうつる |
| 〃 | ( 〃 ) | 三浦壱岐守正次 | 下総国(今の千葉県あたり)より壬生城主に |
| 元禄5年 | (1692年) | 明敬 | 日向国(今の宮崎県あたり)へうつる |
| 〃 | ( 〃 ) | 松平右京大夫輝貞 | 常陸土浦(常陸土浦)(今の茨城県あたり)より壬生城主に |
| 元禄8年 | (1695年) | | 上野高崎(今の群馬県あたり)へうつる |
| 〃 | ( 〃 ) | 加藤越中守明英 | 近江国(今の滋賀県あたり)より壬生城主に |
| 正徳2年 | (1712年) | 嘉矩 | 近江国(今の滋賀県あたり)へうつる |
| 〃 | ( 〃 ) | 鳥居伊賀守忠英(ただてる) | 近江国(今の滋賀県あたり)より壬生城主に |
| | | 以後幕末まで |
| ※ 結城秀康… | 徳川家康の二男で豊臣秀吉の養子になった |
