慶応4年・明治元年（1868）7月、東京府は市中所々へ算筆稽古（けいこ）所をおこし、教導の者を選び読書算の初歩を教えるようにとの触（ふ）れを出している。これは、幕府の崩壊による江戸市中の混乱と不安を、将来にわたって安定させる一方法として、市民子弟の教育を考えた施策であった。この「触書」との直接的なつながりは不明であるが、港区地域では明治3年ごろから私・家塾のほかに、町年寄や地元有志による郷（ごう）学校（区学校）が設立されている［注釈9］。
政府は、「学制」に先立ち、東京府に「其府ニ於テ小学教育之道施行可致候事」と達し［注釈10］、東京府はこれを受けて明治3年に「府学建設」の計画をまとめ、芝増上寺中源流院（鞆絵（ともえ）小学校の前身）、市ケ谷洞雲寺、牛込万昌院、本郷本妙寺、浅草西福寺、深川森下町長慶寺に6小学校を開校した。これらの小学校は、文部省設置とともに文部省直轄となり［注釈11］、「学制」実施のための実験学校の役割を果たした。
明治6年、学制が公布されたのに対応して、東京府は「東京府管下中小学創立大意」15条を定めた。これには、府下の状況を考慮し、旧来の私塾・寺子屋の私立小学校化を図りながら公立小学校を設立するという、府独自の方策が示されている。
港区地域は、第二中学区（行政区の第二大区と第七大区の一部）と、第三中学区（行政区の第三大区と第八大区の各一部）に含まれ、各小区毎に、明治6年に4校、7年に1校、8年に2校、9年に4校（うち1校は分校となり本校に合併）、10年に1校、11年に1校、12年に1校の計13校が設立されていった。その後、各小学校は増改築を行ってきたが、赤坂区に1校が設立されたのみで、明治35年まで小学校の新設はみられなかった。
「学制」の小学校の各教科等を示すものとしては、文部省の「小学教則」、師範（しはん）学校の「下等小学教則」「上等小学教則」が標準として制定された。各府県では、より地域の実情を考慮した教則を作る動きがあった。
東京府は、明治10年に「村落小学教則」をつくり、市街地は8年制の「小学教則」、郷村には5年制の「村落教則」という2本立を実施した。明治11年になり、4年制の「簡易科教則」を実施するとともに、8年制を6年制に改め、男女を分け「男子尋常（じんじょう）科教則」「女子尋常科教則」の3種を併置した。これは東京府の布達（明治11年）にある「都鄙貧富ノ別アリテ一概ニ行ハレ難キ場合モ有之」ことと、中途退学者の少なくなかった実情に合わせたものであった。1学校での3教則実施は、赤坂小学校からの府に対する願に「当校ニ於テハ維持ノ方法モ未タ相立タス随テ教員モ不足致シ居リ」とあり、分離の見込が立つまで「男女混淆（コンコウ）致シ授業仕度」とあるように、どの小学校でも混乱をみせたものと思われる。
明治11年11月に、大区・小区が廃され、芝・麻布・赤坂区が誕生し、今までの学区は消滅した。その翌12年に「教育令」が公布されたが、男女尋常科・簡易科による教育はそのまま継続された。
「教育令」が改正された翌14年に、文部省は改めて行政区の区を学区と称するように達し、府県の小学教則を定める基準となる「小学校教則綱領」を示した。これにより、小学校は尋常科6カ年が初等科3年・中等科3年と高等科2年の編制になった。
芝・赤坂区は、各小学校に初中高の3科を併置したが、麻布区は、飯倉（いいぐら）・南山学校に初・中等科［注釈12］、麻布学校に初・高等科を置き、飯倉・南山学校の中等科卒業生が麻布学校の高等科へ、麻布学校の初等科卒業生は飯倉、南山学校の中等科へ進学するというような、区が一学区となる方法を導入した。港区地域の各小学校は、尋常科の低学年を初等科に、高学年を中等科に編成し直し、進学数の少なかった高等科を改めて設けることで、スムーズに移行していった。
明治16、17年ごろにかけての全国的不況は、府民の貧窮と府財政の停滞をもたらした。明治18年の「教育令」再改正を受けて、東京府は小学教場の切りかえを検討・企画したが、すでに明治19年度の区町村予算が成立していたので、20年度より実施することにした。明治19年4月に「小学校令」が公布されたので、結局は実施するにいたらず、直ちに「小学校令」にもとづく小学校の組織改正に着手することになった。
東京府学務課は、郡区長の意見と府内教育の実際の景況をもとに市部15区には尋常科4年、高等科4年を併置の尋常高等小学校、郡部は大部分を尋常小学校として一部尋常高等小学校に改組した。港区地域は、荏原（えばら）郡に属した白金学校が尋常小学校となり、他は尋常高等の併置校となった。そして、小学簡易科は設置しない方針をとった。
関連資料：【文書】教育行政 公立学校開設並びに合併
関連資料：【文書】小学校教育 私立氷川学校設立
関連資料：【文書】小学校教育 私立鳥羽学校設立
関連資料：【図表および統計資料】教育行政 区立小学校増改築等の状況
関連資料：【学校教育関連施設】