国際理解教育について中学校でも特徴的なカリキュラムが展開されている。まず、平成18年度（2006年度）より全区立中学校に「英語科国際」を新設し、学習指導要領が規定した授業内容に加え、週1時間、英会話教育に特化してネイティブ・スピーカーを加えた授業を展開することとなった。また、六本木中学校では、英語を母語とする生徒や海外生活の経験を持つ英語力に長けた生徒を対象とした、英語科国際ネイティブ・コースを特設するなど、生徒の学力差に応じたカリキュラムが準備されている。
　また、小学校に開設されていた「日本語学級」について、平成30年度から六本木中学校にも新たに開設し、周辺の中学校に在籍している外国人児童が週に1～2回ずつ通学することになった。
　
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