■岐阜県郡上市の中学校
　平成29年（2017）に青山中学校、赤坂中学校の生徒が、港区を訪問した岐阜県郡上市の中学生と交流を行った。港区と郡上市は「商店街友好都市との交流に関する基本協定」（平成20年）と「港区と岐阜県郡上市との災害時相互協力協定」（平成26年）を結んでおり、これがもととなって中学生同士の交流に広がった。
 
■和歌山市立加太中学校
　平成29年（2017）と31年に修学旅行で上京した加太中学校の生徒が赤坂中学校を訪問し、交流した。同校との交流は、平成28年、紀州藩出身の江戸幕府8代将軍徳川吉宗の縁で、和歌山市の和歌祭が赤坂氷川神社例大祭に巡行参加したことをきっかけとして始まった。
 
■青ヶ島村立青ヶ島小中学校
　青ヶ島小中学校は伊豆諸島最南端の青ヶ島にあり、全校児童・生徒は都内で最も少ない11人（平成31年1月現在）という施設一体型小中併設校である。御成門中学校との交流は、青ヶ島中学校の生徒が体験入学という形で年1回、御成門中学校を訪問し、授業や部活動に参加する形で行われている。
 
■鳥取県北栄町立大栄中学校
　東京への修学旅行中の大栄中学校3年生がお台場学園を訪れ、お台場学園の9年生がクイズなどの企画による交流会を行っている。北栄町には「由良台場」、お台場には「第三台場」があることがきっかけとなり、平成30年（2018）から両校の交流が始まった。