特別支援教室では、拠点校の巡回指導教員が児童・生徒の在籍する学校に巡回して指導を行っている。巡回指導教員は、児童・生徒の障害などの実態や特性、周囲の環境や学級への適応状況に応じて指導を行う。
　巡回指導教員は、区内の小・中学校の拠点校に配置されている教員で、特別支援教室で指導するとともに、在籍学級での支援も行っている。
　特別支援教室での指導開始に当たり、まずは保護者の不安や疑問の解消に努め、説明を行う。巡回指導教員は特別支援教室での指導のみを担い、通常の学級担任をすることや指導はしないが、巡回指導の対象児童・生徒の通常学級での教室支援を行うことはある。その際には、対象児童・生徒の行動や学級全体の状況も観察して実態把握を進め、特別支援教室での指導に生かすこととしている。さらに、学級担任と連携を進め、時には教材の提供や学級での支援方法などの助言も行っている。
　また、年間に2回から3回程度の保護者面談を実施し、発達や指導の様子について学校と家庭の連携を深めている。当該児童・生徒自身が担任に伝えにくい悩みや困り事などを、児童らに代わって担任に伝える役割も担っている。
　その他、特別支援教室の指導体制をサポートするものとして、特別支援教室専門員（非常勤）や臨床発達心理士ら（巡回）が配置されている。