特別支援教室専門員（非常勤）の役割は、特別支援教室の指導に当たる巡回指導教員への支援であり、連絡調整および個別の課題に応じた教材作成、行動観察や記録である。
　巡回指導教員による巡回指導日には、①巡回指導教員の指導内容および児童・生徒の行動観察を行う、②巡回指導教員が不在時の通常学級での児童・生徒の状況を報告する、③個別の課題に応じた教材の作成や、指導に必要な教材・教具の準備などの打ち合わせを行う、とされている。
　巡回指導日以外には、①通常学級での児童・生徒の観察記録を作成する、②巡回指導教員の指示に基づき、児童・生徒一人ひとりの個別の課題に応じた教材を作成する、③学校行事などにより指導時間に変更が生じた場合、日程の連絡調整を行う、④児童・生徒の指導記録と行動観察の記録を取りまとめ、報告書を作成する、などの役割を主としている。
　平成28年度（2016年度）からは特別支援教室の開室に伴い、通常学級の担任が教材の作成、行動観察や記録に当たるようになった。平成30年度からは「個別支援シート」の作成が実施され、保護者および児童・生徒の要望に応じて、将来に生かせるようなシステムづくりが進められている。