区では、区内外の大学・短期大学との連携が盛んに行われており、区と大学などで協定を締結して相互の連携協力を行っている。
　平成30年度（2018年度）現在、東京海洋大学、テンプル大学ジャパンキャンパス、明治学院大学、慶應義塾大学、都立産業技術大学院大学（品川区）、芝浦工業大学、東京大学医科学研究所、北里大学、東海大学、東洋英和女学院大学大学院（大学は神奈川県横浜市）、戸板女子短期大学の8大学、1大学院、1短期大学、1研究所が協定を締結している（協定締結順）。多くの場合、地区の総合支所が連携の窓口となっている。
　例えば、明治学院大学の「チャレンジコミュニティ大学」は高輪地区総合支所の協働推進課が窓口となって協定を結んでおり、明治学院大学に業務委託をして大学内で開設している。チャレンジコミュニティ大学は、区内在住のシニア層を対象として、地域活動のリーダーとなる人材を育成する目的で平成19年度に開設した。受講生は明治学院大学の在学生と同様に図書館や食堂など大学内の施設設備を使うことができ、区と大学との間で受講生への積極的な支援が企画されている。
　また、平成20年、慶應義塾大学と連携協力に関する協定が締結され、芝地区総合支所との間で「芝地区昭和の地域力再発見事業」（平成31年時点では「地域をつなぐ！交流の場づくりプロジェクト」）に取り組んでいる。両者が共同で運営する「芝の家」および「ご近所ラボ新橋」を活動拠点として、地域の幅広い年齢層によるコミュニティ形成を目的とした活動を行っている。
　テンプル大学ジャパンキャンパスと区とは平成18年に連携事業に関する協定を締結し、さまざまな事業を行っている。例えば、「国際人育成事業」では、区立小学校の5・6年生、区立中学校2・3年生を対象として、大学で開催されるサマープログラム（国内留学）を行っている。この他にも、帰国児童・生徒や外国籍児童・生徒に対する日本語適応指導員の紹介、異文化体験授業へのアシスタント派遣などを実施している。