明治21年（1888）、大日本水産会水産伝習所として発足、明治30年、水産講習所となり水産界に輝かしい業績を残し、昭和24年（1949）の国立学校設置法により東京水産大学となる。当時、水産学に関する日本唯一の単科大学であった。平成8年（1996）には水産学部の全学科を、平成12年には大学院水産学研究科を改組した。
　平成15年10月、東京商船大学との統合により東京海洋大学となった。