平成12年（2000）に行われた都区制度改革では、特別区の基礎的な地方公共団体としての位置づけが明確になり、港区教育委員会などの特別区教育委員会は、市町村教育委員会と同様の権限を持つようになった。それにより、幼稚園教育職員についてはその任用と身分の取り扱い、都費負担教職員についてはその身分の取り扱い、さらに教科書の選択などが特別区教育委員会の権限となった。