平成18年度（2006年度）から港区の「区役所・支所改革」が開始され、地域における課題解決および身近な区民サービスの拠点としての役割を総合支所が担うことになった。地区教育会議は、教育委員会と各総合支所が連携して、平成21年度から各総合支所単位で年1回会議を開催することとした。テーマ決定などについては区長部局と教育委員会との間で事前の調整が行われた。