協議会は、校長、副校長（教頭）、担当教諭、関係機関等により、学校（幼稚園）運営、幼児・児童・生徒に関する教育的課題の改善、配慮等について、情報交換や協議を行い、諸問題に即応した組織的・計画的な指導の確立を図るために設置された。平成9年度（1997年度）までは、おおむね以下の協議会が設置されていた。
　教務研究協議会、生活指導協議会（学校間生活指導連絡協議会・中学校学区別生活指導協議会）、幼稚園教育協議会、心身障害学級連絡協議会、保健教育協議会、初任者研修実施協議会、交通安全協議会、進路指導協議会、教育経営協議会、教育相談特別協議会。
　平成10年度以降については、おおむね以下の協議会に整理された。
　港区内児童・生徒の健全育成に関する五者協議会、中学校学区別生活指導協議会、交通安全協議会、初任者研修実施協議会、教育経営協議会、教育相談特別協議会。