教育の内容・方法・環境についての先進的・実践的な調査・研修および体験型学習を行うなど、学校・幼稚園教育の充実を目指す部門である。昭和60年（1985）3月に「東京都公立学校再雇用職員設置要綱」、同年7月に「港区教育委員会に勤務する非常勤職員に関する要綱」が制定され、退職した校長・副校長による教育センター調査研究部門業務が本格化した。昭和60年度には、教育経営協議会、コンピューターシステム研究など13の研究室、教育相談や各種講習会などを実施していた。昭和60年度の研究相談員は7人である。
　平成10年代後半には子ども生活実態調査の分析や区立学校で行われる学力テスト支援などを担当指導主事と協議して実施していた。しかし平成19年度（2007年度）に仮施設移転に伴う規模縮小の影響を受け、各種研究室は休止の後廃止された。