昭和42年（1967）から46年にかけて改築された施設（園舎）は、再び平成6年（1994）に全面改築された。小学生の学習活動や集団生活に必要な学習室、工作室、体育館、レクリエーションホール、運動場、児童宿泊室、浴室などを整備した。
箱根ニコニコ高原学園の管理体制は、平成18年度までは区職員［事務職（所長）、調理職、用務職の計7人（平成18年度）］を配置して管理運営を行っていたが、効率的な運営の観点から平成19年度より、調理および清掃の業務は民間事業者に委託し、区職員は所長1人のみの配置とした。
さらに、平成27年度からは、指定管理者制度を導入し、Fun Space株式会社が指定管理者となった。これは、民間事業者が持つノウハウやアイデア、専門性などを活用することで、より教育的効果の高い校外教育施設にすること、管理運営体制を強化して緊急時の対応力を向上させ、児童の安全・安心の確保を一層図ること、また、スポーツや文化活動に取り組む社会教育団体の利用促進や区民の青少年健全育成活動や生涯学習活動支援を強化することなどを目的としたものである。
［図16］ 施設の概要
※港区教育委員会事務局作成
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