その後、平成10年（1998）に、社会教育課は生涯学習推進課へと改組され、それまでの社会教育主査は生涯学習推進主査に、文化財係は図書・文化財課に移管した。続く平成14年の改組では、社会教育課時代から置かれていた社会教育係と青少年係が統合され、生涯学習係へと名称が変更されるとともに、新たに青少年育成担当が置かれた。
さらに区役所・支所改革が行われた平成18年には、青少年教育に関わる事務の多くは、区長部局に新設された「子ども支援部」に移管した。なお、青年館および青山社会教育会館の管理運営については、平成8年に財団法人港区ふれあい文化健康財団に委託され、同財団は平成20年度から指定管理者に指定されている。
［図1］ 社会教育主事発令者数推移
出典：『港区の教育』各年度版より作成
［図2］ 総合支所・支援部の分掌
＊港区教育委員会事務局作成