大正12年(1923)9月1日午前11時58分、関東一帯を激震が襲った。その後、東京では余震が続いて各所から火の手が上がり、下町を中心に3日間にわたる火災に見舞われた。後に関東大震災と呼ばれる大災害である。港区域の火災による焼失は、芝区で24パーセント、赤坂区で7パーセント、麻布区でほとんどなかったことから、比較的被害が軽かったといわれる(『新修港区史』第1編)。しかし、芝区で9校の公立小学校が焼失し、その就学児童数は8430人に上った。その日は2学期の始業式で児童は下校していたが、教職員は、御真影や重要書類を避難させたり、火災に対処したりと、身を挺(てい)して学校を守った。翌日から、すべての小学校で教育活動が停止された。
焼失を免れた小学校は、避難所となった。青南小学校も、「新校舎は殆んど破損なく旧校舎は瓦が落ち又は化粧壁が落ちた」程度の被害で、児童・教職員とも無事だったため、罹災(りさい)者の収容・救護に当てられた。
この大震災で、東京市域の住民250万人のうち、150万人が家を失い、市立小学校は、避難所として約3万人を収容し、炊き出しなどで25万食ほどを給食したといわれている(鈴木淳『関東大震災』)。避難所となった青南小学校は、赤坂区役所の委託で米や鮭の販売も行った。高輪、三光(さんこう)小学校も販売所となり、南海、聖坂小学校は配給品格納庫となった。学校は、食料供給の拠点となり、被災者や地域の食を支えたのである。その様子を、卒業生が次のように振り返っている。