四十年代後半に入ると、交通公害に加えて区内の河川・港湾の汚染が深刻となっていった。とくに、港区の中央を流れる古川には、周辺の高層ビル、ホテルの下水が未処理のまま流れ込み、沿岸住民からの苦情が絶えなかった。これらの河川が流れ込む東京港においても事情は同じであり、芝浦地区住民から対策が要請された。
　区議会でも、この問題はたびたび採りあげられ対策が論じられたが、区は、このような声に応えて、都の下水道局、建設局に区内の下水道建設事業を急ぐよう要請した。都による下水道の整備と公害防止条例による規制が効を奏し、現在では河川・港湾の汚染は、当初に比べ格段の改善をみている。