前期に引き続き、一定数の遺構・遺物が発見されている時期であるが、前期同様、遺構を伴う遺跡は少ない。そうした状況で、竪穴住居跡が発見された長門萩藩毛利家屋敷跡遺跡は、港区域で展開したこの時期のくらしや文化を知るうえで重要である。芝公園に所在する丸山貝塚（No.23）は、中期末葉から形成された可能性が考えられるが定かではない。伊皿子貝塚遺跡では、この時期の土器片錘（へんすい）等が出土している。
　他に、青山墓地内貝塚（No.1）、東宮御所内遺跡、陸奥八戸藩南部家屋敷跡下層遺跡、三田台町・三田台裏町・芝伊皿子台町町屋跡遺跡（No.101）などがある。