後期の遺跡も比較的多く、初頭の敷石住居跡と前半の貝層が発見された伊皿子貝塚遺跡をはじめ、丸山貝塚・西久保八幡貝塚がこの時期の港区域の歴史を知るうえで重要な遺跡である。
　溜池遺跡（No.108）では、自然堆積層中からまとまった土器が出土しており、周辺域に集落が存在したことを示唆している。後期の遺跡のほとんどが溜池遺跡のような包蔵地である。