中期の遺跡は、伊皿子貝塚遺跡（No.60）、三田台町遺跡（No.75）、亀塚公園遺跡（No.56）、石見津和野藩亀井家屋敷跡遺跡（No.156）の四か所の他、青山墓地で中期後葉の壺形土器（95頁）が出土しており、その推定位置が港区No.2遺跡に相応する。また、明治大学博物館所蔵の中期中葉の壺形土器（93頁）が芝公園出土とされているが詳細は不明である。
　遺構は伊皿子貝塚遺跡で方形周溝墓二基が発見されているのみで、他の三遺跡はいずれも包蔵地である。