港区内における古墳時代の遺跡は、江戸時代以降の開発による湮滅（いんめつ）の影響もあり、決して多くはないものの、考古学史上著名なものも含まれている。古墳時代の遺跡は、東京湾に面する武蔵野台地東端部沿いに、南北に細長く分布するとともに、古川の両岸にまとまる傾向を示す。さらに、近年の調査により区内北東部の東京低地においても、遺跡の存在が確認されている。